Dans Animatrix, l'hovercraft Osiris découvre que les machines forent un trou en direction de Zion. Pour prevenir du danger, Jue va dans la matrice, déposer dans une boite au lettre le disque contenant le message d'alerte.

Ghost et Sparks observe la poste entrein de se faire fouiller par la police, mais sans réussir à trouver le message.

Niobe et Ghost vont devoir récupérer le message à la poste.

Biensur, la police tend une ambuscade à l'intérieur. Niobé est transférée dans la poste et Ghost l'attend à l'exterieur en voiture. Après la fermeture de la poste, Niobe et Ghost sont transférés. Niobé récupére le message (boite aux lettres 731222) et s'enfuit avec Ghost en voiture.

La police poursuit la voiture. Sparks indique le point de sortie (un téléphone de service sur le toit d'un immeuble). Niobé monte sur le toit, tandis que Ghost retarde l'arrivée de la police. Mais arrivée au niveau du téléphone, un agent surgit. Niobé fuit et trouve un autre téléphone. Tandis que Ghost profite que Niobé soit poursuivi par l'agent pour utilisé le premier point de sortie.

Niobé transfert le message de l'Osiris à Zion. Lock ordonne à Niobe de battre le rappel, afin que tous les vaisseaux retournent à Zion.

Niobe et Ghost vont appeler tous les vaisseaux, afin de convenir d'une réunion entre tous les commandants le lendemain à minuit dans les égouts.

Ils retournent dans la matrice. A minuit ils arrivent à l'aeroport.

L'aeroport possède de nombreux téléphones publiques, qui permettent de passer des coup de téléphone sans être pistés. Niobe et Ghost battent le rappel.

Niobe appel le Vigilant, et Jax l'informe qu'Axel a été capturé et que Soren et ses équipiers sont bloqués par des agents et des policiers.

Niobe va aider Axel. Ghost va aider Soren (porte T28 de l'annexe).

Ghost retrouve Soren et ses équipiers (Binary,...). Ghost monte dans la tour de controle afin de couvrir la fuite Soren et ses équipiers.

Pendant ce temps, Axel est emmené dans un avion (un gulfstream, en piste F12). Niobé demande à Ghost qui se trouve dans la tour de controle de tirer avec un fusil à jumelle dans les pneus de l'avion, afin de lui laisser le temps de monter dans l'avion (elle emprunte le tunnel 5R). Niobe et Axel saute en parachute de l'avion. En voiture, Ghost suit l'avion et les récupére.

Axel et Ghost réintégre le monde réel, tandis que Niobé rencontre l'Homme du train qui l'informe que Zion avait été détruit en 72 H la dernier fois. Niobe réintégre le monde réel.

Au chateau du Mérovingien, Cain et Abel font semblant d'oublier de fermer la porte de la cellule du Maitre des clefs. Leur objectif est de voler au Maitre de clef, la clef de l'Elu pour pouvoir l'utiliser eux même. Le Maitre des clefs fuit par un raccourci et va voir l'Oracle. Cette dernière explique au Maitre des Clefs qu'il doit retrouver Ghost et Niobe afin de leur confier la clef de l'Elu afin qu'eux même puisse la remettre à Néo.

Pendant ce temps , la réunion de tous les commandants dans les égouts a lieu (Reloaded). A la demande de Morpheus, le capitaine Ballard reste en contact avec la matrice, dans l'attente éventuel d'un message de l'Oracle.

Les agents arrivent et tout le monde fuit (sauf Néo qui les retient). Niobe et Ghost aide de nombreux rebelles à s'enfuir (Ballard, Ice, Wurm, Corrupt, Bane, Malachi) dans les égouts. Puis un agent prend en chasse Ghost et Niobé. A ce moment une porte s'ouvre, et le Maitre de clefs apparait et leur dit "Je suis le Gardien des Clés, et votre destin n'est pas de mourir ici. Dépêchez-vous!". Les trois protagonistes fuient par le raccourci.

Dans le raccourci, le Maitre de clef s'apprete à donner la clef de l'Elu à Niobe et Ghost, mais à ce moment, Cain et Abel surgissent d'une porte d'accès, volent la clef et repartent par une porte d'accès menant au chateau du Mérovingien.

Le Maitre de clefs, Niobe et Ghost emprunt une porte d'accès menant au chateau du Mérovingien, afin d'aller récupérer la clef de l'Elu. Le Maitre des clefs part dans son coin, Niobe va à la recherche de la clef et Ghost monte sur le toit pour essayer de contacter Spark.

Le Maitre des clefs se fait capturé et placer dans une cellule.

Dans sa quête, Niobe affronte le vampire Vlad.

Niobe se rend au bureau de Mérovingien ou elle téléphone à Spark. Ce dernier l'informe que Ghost est prisonnier dans les oubliettes et ne peut la guider dans le chateau car son architecture est spécial. Spark indique à Niobe d'aller dans la bibliothèque car c'est le dernier endroit ou était Ghost avant de passer dans les oubliettes.

Dans la bibliothèque Niobe rencontre Persephone, qui échange son aide contre un baisé amoureux.

Niobe descend dans les oubliettes et affonte Cujo.

Niobe retrouve Ghost en compagnie d'Abel, Cain et du Mérovingien. Par peur de se faire effacé, Abel raconte au Mérovingien, ceux qu'il a fait avec Cain concernant le Maitre des clefs. Le Mérovingien détruit la clef de l'Elu.

  
  
  
(captures d'écran avec Ghost en personnage principal)

Niobe se débarasse d'Abel et Cain et libère Ghost. Dans leur fuite Niobe et Ghost rencontre le Maitre des clefs, prisonnier dans une cellule.

Le Maitre des clefs remet une clef qui permet à Niobe et à Ghost de prendre le racourci qui mene au parking du Mérovingien.

Mais dans le parking, les jumeaux les attendent.

Après une course poursuite dans les tunnels de la ville...

Niobe et Ghost s'échappent et trouvent un point d'accès afin de réintégrer le monde réel.

Le logos retourne à Zion.

A Zion, Niobe reçoit la visite de Lock.

"...

Ghost - Je ne pensais pas que tu aurais le courage de revenir après la raclée que je t'ai mise la dernière fois.

Trinity - Cher frère, je t'avais laissé gagner par pitié t'ayant déjà battu... combien de fois? Oh, j'ai perdu le compte dès que ça a atteint deux chiffres.

Ghost - La gent masculine, chère soeur, a pour devoir de ménager... la susceptibilité du sexe faible.

Trinity - Mais oui, c'est ça. Ça suffit. Je vais te faire ravaler tes paroles et mordre la poussière de ce jardin.

Ghost - Viens, Trin! Fais voir.

..."

S'en suis un combat mouvementé dans lequel Ghost remporte la victoire.

Ghost et Trinity se débranche du jardin zen.

L'Oracle fait appel à Seraph afin que se dernier rentre en contact avec Ballard (capitaine du Caduceus).

Seraph et Ballard se batte pour ce connaitre.

Ballard rencontre l'Oracle qui lui remet un message pour Néo. Ballard retrouve Malachi et Bane dans la matrice, à ce moment Smith apparait et les prends en chasse. Ballard se sentant menacé, remet le message à Bane. Ballard arrive à réintégrer le monde réel.
Bane remet le message à Malachi qui réintégre le monde réel. Smith apparait et parasite Bane, qui réintégre le monde réel (Reloaded).

Le Caduceus retourne à Zion et Ballard remet le message à Néo (Reloaded).

A Zion, Lock apprend à Niobe qu'il s'est arrangé avec le conseil pour que son vaisseau ne fasse pas partie de la contre-offensive sur les machines.
Lors du conseil, Soren et Niobe se portent volontaires pour aller chercher le Neb (Reloaded).

Niobe et Ghost vont aider Morpheus dans la course poursuite sur l'autoroute (Reloaded).

Sparks dirige Niobe sur l'autoraoute pour qu'elle rejoint Morpheus.

Mopheus tombe sur le capot de la voiture de Niobe.

Le commandant Lock fait le point sur l'avancement des machines vers Zion. Bien que la cinématique, laisse supposer qu'à ce moment précis, Niobe/Morpheus/Sorens prépare un plan pour que Néo acccède à l'immeuble de l'Architecte, en fait cet événément c'est déjà réalisé il y a plus de 21 H. La cinématique laisse aussi supposer qu'à ce moment précis, la contre offensive des 5 hovercrafts est en cours de préparation, en fait cet événément a déjà eu lieu il y a plus de 22 H.

Niobe et Ghost aide Néo en détruisant la centrale nucléaire (Reloaded).

La contre offensive des 5 hovercrafts échoue par le déclenchement d'un EMP.

L'Oracle fait appel à Seraph afin que se dernier rentre en contact avec Niobe. Bien que la cinématique, laisse supposer que Niobe rencontre l'Oracle tout suite après sa mission à la centrale nucléaire, en fait cette rencontre à lieu plusieurs heures après (le temps que Morpheus et Trinity libère Néo de l'Homme du train et que Néo rencontre l'Oracle)(ainsi quand Niobe rencontre l'Oracle, cette dernière lui racontrera que Néo a été libéré).

Seraph et Niobe se batte pour se connaitre.

Niobe rencontre l'Oracle (dans le jeu, le joueur peut aussi interpréter Ghost, donc Ghost peut aussi rencontrer l'Oracle. Mais dans Révolutions, Niobe raconte à Morpheus qu'elle a rencontré l'Oracle).

Seraph dirige Niobe vers un raccourci.

Niobe rencontre Smith dans le racourci. Niobe fuit et ressort dans Chinatown.

Niobe trouve un téléphone dans une église, pour réintégrer le monde réel (dans le jeu, le joueur peut aussi interpréter Ghost, donc Ghost peut aussi prendre le racourci).

Le Logos retourne vers Zion. Mais les sentinelles trouvent l'hovercraft et l'équipage déclenche son EMP.

Le logos attend qu'un vaisseau le retrouve (se sera le Hammer) (Revolution).

Dans révolutions, l'hovercraft Hammer retrouve le Logos et le redémarre.